Прошло несколько недель после событий финала мультсериала «Бен 10: Инопланетная сила», в котором Вилгакс сдался. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс был разрушен и теперь ему нужно осваивать секреты Ультиматрикса